Misterul Armatei celor 12 maimuţe se află între trecut şi viitor, între luciditate şi nebunie, între vis şi realitate. Acţiunea filmului are loc în anul 2035 când omenirea subzistă într-o dezolantă lume a morţii, urmare a distrugerii în proporţie de 99% a populaţiei Pământului. Cole (Bruce Willis), un voluntar încăpăţânat sprijinit de Kathryn Railly (Madeleine Stowe) au numai două indicii pentru a descifra enigma Armatei celor 12 maimuţe, care ameninţă să şteargă omenirea de pe faţa pământului.